⑤飛鳥浄御原宮（あすかきよみはらのみや）（飛鳥宮跡）

壬申の乱に勝利した大海人皇子（おおあまのみこ・後の天武天皇）は、嶋宮（しまのみや）から岡本宮（おかもとのみや）に移ったと『日本書紀』にありますが、この岡本宮は、母・斉明（さいめい）天皇の後飛鳥岡本宮（のちのあすかおかものとのみや）のことだと思われます。『日本書紀』には、さらに続けて、岡本宮の南に宮室（天皇の宮殿）を造ったとあります。また、この宮の名前は、後の朱鳥（あかみとり）元年(686)に飛鳥浄御原宮と名付けられたことも『日本書紀』に記されています。飛鳥浄御原宮は、天武天皇の病気の治癒を願っての命名であるという説があります。
『日本書紀』によると、天武天皇２年（673）２月、壇場（たかみくら）（高御座）を設けて即位し、鸕野讚良皇女（うののさららのひめみこ）（後の持統天皇）を皇后としたとあります。また持統天皇の即位の儀式もここでなされたと思われます。
その後、持統天皇8年(694)藤原京に遷都されましたが、今日の石敷きされた「飛鳥宮跡」は、飛鳥浄御原宮の遺構を復元したものであり、その下層に後飛鳥岡本宮、飛鳥板蓋宮、飛鳥岡本宮の遺構が重層的にあると推定されています。